Agencija za znanost i visoko obrazovanje od osnutka je ustrojila i unaprjeđivala sustav osiguravanja kvalitete temeljen na primjeni zakonskog okvira, Standarda i smjernica za osiguravanje kvalitete u Europskom prostoru visokog obrazovanja (ESG) te standarda ISO 9001.
Dokumentacija sustava osiguravanja kvalitete Agencije temelji se na politici kvalitete, strategiji koja sadrži misiju, vrijednosti i ciljeve, priručniku kvalitete i nizu dokumenata koji pobliže reguliraju poslovne procese (postupci, radne upute, obrasci, izvješća i ostalo).